Su ascenso al poder de la Nación fue rápido, aunque accidentado. Cuando arribó, el Ecuador lamentaba las penurias de la ocupación del militarismo extranjero bajo la presidencia del general Juan José Flores. Rocafuerte, con toda la experiencia acumulada en el exterior al servicio de la Independencia americana, irrumpió en el escenario como una figura providencial destinado a liderar el partido civilista y nacionalista.

Promovió la Revolución de los Chihuahuas, pero desde la cárcel terminó pactando con Flores su sucesión que se consumó con la batalla de Miñarica, en enero de 1835, y la Convención de Ambato que legitimaría su Jefatura Suprema.